作为科研最重要的手段，国家重点仪器设备在整个科技资源中占有相当高的比重，其使用效率的高低直接关系着科技创新能力的形成和发挥。据全国政协教科文卫体委员会的调研资料表明，不少发达国家的仪器设备利用率高达170%—200%。而我国拥有的科学仪器设备的数量比欧盟15国的总量还多，但许多仪器设备的利用率不到25%。分析其原因如下：
一、科技资产部门化。由于政策、管理体制等问题，导致资源归单位所有甚至个人掌控，有些机构或专家学者垄断把持着由国家财政投入所获得的科研设施和数据资源，没有将国家的科研资源当作公共平台，使得国家重点仪器设备使用率很低，数据资源不能在保密情况下共享。
二、由于条块分割、信息闭塞、部门垄断，仪器设备申请缺乏充分论证和责任心等原因，盲目购置、低层次重复购置现象严重。
三、基地建设缺乏运行经费。我国许多科研基地建设工程项目投资主要购买大型科学仪器设备，而缺乏配套的运行和维修费用，“买得起马，配不起鞍”的现象普遍。由于仪器运行成本高且需使用者缺乏经费，导致仪器使用效率低；由于维修费用昂贵，设备出现故障不能及时维修，导致其不能正常使用。
四、实验室管理体制、管理制度不够完善，实验室场地缺乏，设备分散而不配套。
建议：
一、建设公共科研平台和全社会共享平台。充分整合地区和单位的科技资源条件，按照集中投入、统一管理、开放公用、资源共享等模式，建设公共科研平台和全社会共享平台，把重点设备、试验设施开放共用，充分发挥设备使用效率，解决科技资源短缺问题，使区域科技创新能力得到最大化提升，形成重点设备使用的良性循环机制。地方应鼓励大专院校、科研机构、企业和科技人员使用重点设备平台从事科研和技术产品开发，对协作共享服务好的单位和部门优先给予投入，逐步实现资源的优化配置。
二、加大科研经费投入。进一步提高科研经费投入在国民生产总值中的比重，加大基础科学研究领域的支持力度。改变资源的不合理配置，国家资助科研基地建设的工程项目，应包含重点仪器设备的运行使用、维修费用，保证其正常运转使用。
三、购置国家重点设备时，要充分论证，建立追责制。设备的购置须由多名研究人员提议或附议，组织专家对申报汇总的设备购置规划进行全面论证和会审，出具由参加会审专家签字的书面评审意见。建立设备购置追责制，根据仪器设备购置的提议人、附议人预期使用效率以及成果作为今后实际使用效果的考核依据，建立科学的奖惩制度，对于运行情况严重达不到预期目标、绩效极差的仪器设备提议人，取消其今后在仪器设备购置规划中提议、论证的权利，并给予一定的经济处罚。
四、建立和完善实验室管理制度。为保证设备充分发挥作用，管理方面要建立责任研究员负责制，配置专职熟练的管理人员，建立和完善实验室管理制度，提高管理水平，避免设备闲置。对新进实验室人员进行岗前培训，避免操作失误，损坏设备。充分调动设备管理人员的积极性，保障、鼓励、支持和引导重点设备的正常有序使用。
