当前，我国土地制度还不够完善，特别是在保护农民土地权益方面，农村土地集体所有制的缺陷还很明显。据估计，我国失地农民已达4000万之多，2004年进一步治理整顿土地市场秩序以来，全国又查处了土地征用违法案件16.8万件。农业部的消息称，我国每年土地减少400万亩，其中耕地200万亩，造成100万农民失业。这些现象都与农民土地权益保护的制度性缺陷有关。所以，在新农村建设中，将会越来越多地涉及到土地制度。维护农民土地权益，加强土地管理，从根本上解决土地问题，必须从土地制度改革上入手。
建议：
将赋予农民更完整的土地权利作为下一步的改革方向，即在国家的有效管理下、在先进行试点改革的基础上，逐步实行“土地归农”的制度改革。就近期的政策选择而言，有必要在现有的各项农业专项补贴外，增设农地流转补贴专项资金，对出让农地的农民给予补贴。该项补贴在实质上等于国家承担了一部分地租。
具体实施办法如下：
一、资金来源。中央财政设专项资金，东部经济发达地区等额配套。
二、补贴水平。建议以每亩30元为宜，东部地区地方配套后为60元。如果补贴标准太低，实际收效将不明显。
三、资金规模。目前农业部尚无全国性土地流转规模的数据。1998年农业部对8省所做的调查显示，参与流转的土地只占全部土地的3-4%，发生面最广的浙江省也只有7-8%。浙江学者的实地调查发现，2001年绍兴市土地流转率为25%；湖州市流转率为19%；衢州市流转率为11.3%。2004年8月广东省农业部门调查显示，全省（深圳市除外）土地流转率14.4%。据此基本可以断定，当前全国农村土地流转率不会超过10%。按大数10%计算，全国18亿亩耕地中发生流转的面积为1.8亿亩，按每亩30元的补贴标准，总共需要中央财政资金54亿元。如果在5年内，流转面积增加到5亿亩，需要中央支出150亿元。此资金数量应在可承受范围之内。而且，该项补贴符合WTO“绿箱”政策要求（“农业协议”附件2的第1款和第2款内容）。
四、组织实施。成都市2004年开始乡一级的土地流转服务中心试点工作（第一个试点是金堂县栖贤乡），到2006年已经建立了市、县、乡三级联网的土地流转管理服务机构。借鉴成都的经验，各级土地管理部门都要加强农地流转服务或管理的职能，乡镇一级要设置土地流转服务中心（与现有的土地管理所“一套人马，两个牌子”）。
在具体实施中，可分两种情况区别对待。第一，土地流转双方协商达成初步意向后，到所在乡镇土地流转服务中心进行登记、审查、确认和公证，并签订合约。第二，有供地意向的农户先向乡镇土地流转服务中心提出流出申请，乡镇土地流转服务中心张榜公布信息（逐步过渡到乡镇及县市的有关信息网上公布），寻找有扩大经营意向的农户，并由后者提出流入申请，经审查确认后签约。乡镇将两种情况统计数据汇总逐级上报，补贴资金通过县乡财税管理信息系统由农村信用社或邮政储蓄进行社会化发放，直接打入农民“一折通”帐户，并在村内张榜公布。
五、配套措施。第一，农地的流转要有社区内部优先的原则。第二，单个农户租入土地要有上限。第三，对租用农地的农户要有严格的资格限定，要求其户主或家庭成员必须能正常地从事农业生产活动，而不允许仅仅从事管理活动。第四，农地流转过程中不得改变其农业用途。第五，支持工商企业参与农业产业一体化经营，但不提倡直接租入农民土地，即使租入也不享受政府补贴。第六，为了防止共谋行为的发生，农民私下流转不享受补贴。第七，农村土地承包经营权流转合同文本格式由省级人民政府农业行政主管部门确定。
